법인, 조심-2021-광-3623, 2022.03.21.
■ 청구법인이 분양매출 및 분양원가 산정시 적용한 ‘시공사의 작업진행률’을 부인하고 ‘감리단의 공정률’을 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
감리자의 공정확인서는 감리자의 업무(곧, 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 등「주택법」제44조 소정의 감리자의 업무)를 수행하기 위하여 작성된 것으로 그에 따른 공정률이「법인세법 시행령」제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호 소정 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수도 없으며, 이 건의 경우 실제 양자의 차이도 크지 아니하므로 이를 이유로 청구법인이 제출한 작업진행률을 부인하기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 감리단의 공정률 등에 근거하여 쟁점아파트 관련 작업진행률 등을 재계산하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
1. 사안의 개요
가. 청구법인은 2012.2.8.부터 OOO에서 건설/주택신축판매업을 영위하는 법인사업자로, 2015년 3월부터 2018년 8월까지 O블럭의 O아파트와 2016년 4월부터 2019년 1월까지 O블럭의 O아파트(두 아파트를 이하 “쟁점아파트”라 통칭한다)의 분양을 시행하였으며, 쟁점아파트의 건설 도급용역은 모두 A(주)(이하 “주-A”라 한다)로부터 공급받았다.
나. O(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.11.26.부터 2021.1.8.까지 청구법인에 대하여 2016사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점아파트의 분양매출 및 분양원가 산정시 적용한 시공사 주-A의 작업진행률을 부인하고 감리단의 공정확인서상 공정률을 적용하여 각 사업연도 수입금액을 재계산하도록 하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고 처분청은 이에 따라 O원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2016사업연도 소득금액에 익금산입 등을 하여 2021.4.16. 청구법인에 2016사업연도 법인세 O원을 경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 당사자들의 주장
가. 청구법인의 주장
시행사인 청구법인의 작업진행률은 시공사인 주-A의 총 도급계약금액에서 실제 공사비 발생 누적액을 근거로 하여 산정된 것이므로「법인세법 시행령」제69조 제1항에 의한 작업진행률의 정의에 부합하는 바, 감리단의 공정확인서상 공정률을 시공사의 작업진행률에 우선하여 적용할 수 없다.
나. 처분청의 의견
청구법인과 특수관계에 있는 주-A의 작업진행률은 실 투입원가를 반영하였는지 여부가 불분명하고 객관적이지 않으므로 감리단의 공정률을「법인세법 시행령」제69조 제1항에 의한 객관적이고 합리적인 작업진행률로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.
3. 조세심판원의 판단
[주문]
OOO서장이 2021.4.16. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 O원의 부과처분은 O원을 익금불산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이유]
처분청은 시공사의 작업진행률보다는 감리단의 공정률에 의하여 작업진행률을 재계산하여 과세한 것은 정당하다는 의견이나,
법인세 부과처분 취소를 구하는 쟁송에서 그 부과처분의 적법성과 과세표준금액 등 과세요건사실의 존재에 관하여는 과세관청이 입증책임을 부담하는 것인바,
-처분청은 청구법인과 주-A와의 특수관계, 그에 따른 주-A 작업진행률의 실제 원가 반영여부의 불분명, 다른 업체의 세금계산서 발행 혹은 기성청구 현실 등 정황적 사실을 제시할 뿐 동 법인에 대한 세무조사 등을 통하여 작업진행률의 오류 시정 등 주장을 뒷받침할 객관적 증빙을 제출하지 못하고 있는 점,
-오히려 청구법인이 제출한 자료에 의하면 주-A의 현장별공사원가는 동 법인의 공시자료나 관련 세금계산서 등 내역과 일치하는 등 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점,
-감리자의 공정확인서는 감리자의 업무(곧, 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 등「주택법」제44조 소정의 감리자의 업무)를 수행하기 위하여 작성된 것으로 그에 따른 공정률이「법인세법 시행령」제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호 소정 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수도 없으며, 이 건의 경우 실제 양자의 차이도 크지 아니하므로 이를 이유로 청구법인이 제출한 작업진행률을 부인하기도 어려운 점 등에 비추어
처분청이 감리단의 공정률 등에 근거하여 쟁점아파트 관련 작업진행률 등을 재계산하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
법인세법
제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
법인세법 시행령
제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.
법무법인 산지 / 위정현 변호사
